生態環保移動廁所的發展也面臨著許多的難題，建高造價的生態環保移動廁所實屬無奈，生態環保移動廁所的造價，要比普通公共廁所高得多。流動的生態環保移動廁所相對便宜，幾千元錢一個就夠了，最貴的要好幾十萬。有些地方地下還沒有鋪設市政污水管網，但附近的居民卻急需一個公共廁所，所以只能造一個不需要排污管道的生態環保移動廁所。
　　通過各種技術手段或社會分工協作，對廁所所收集的糞污進行就地處理或異地處理，使糞污無害化后再回歸于環境。在進行糞污處理時，往往會帶來一些附加的好處，例如回收了糞污中的有用成份用于制藥、制肥或回收水資源。
　　減少了廁所對外界資源的依賴性，并節省資源，一般生態廁所具備糞便處理回收水的功能，也有一些廁所不使用水沖方式而達到潔凈目的。還有一些廁所利用太陽能作為取暖能源。這些廁所在使用上更具有獨立性，特別是對水資源的需求減少，從而具備了節水特點。
　　生態環保移動廁所的最大特點是排污少，專家指出：人體排泄物中含有大量的病毒細菌。傳統虹吸彎排污便器在沖水時，便器內的氣旋最高可將病菌或微生物帶到6米高的空中，并懸浮在空氣中長達幾個小時。在排污時存在回流殘殖現象，(水封水中含有微量的糞便，)這些不潔凈的水長時間存放會污染室內環境，影響健康。節水防臭環保移動廁所及設備，采用發泡液封堵直接排放方式。直接從污染源治理，做到了徹底治污。節水防臭環保移動廁所使糞便在泡沫中滑落進糞池后，定時直接清理回收。經過厭氧處理，殺滅了病菌和蟲卵后形成高效農用優質有機肥。

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